فعالیت های فوتبالی یحیی در دهه نود
پس از پایان نیم فصل سال ۱۳۹۱ با برکناری مانوئل ژوزه، گلمحمدی به عنوان سرمربی پرسپولیس انتخاب شد. گلمحمدی ۲۹ اسفند ماه ۱۳۹۱ در برنامه ۹۰ از سرمربیگری پرسپولیس کنارهگیری کرد، اما این استعفاء مورد پذیرش مدیر عامل این تیم قرار نگرفت.
پس از دیدار پرسپولیس مقابل سپاهان در فینال جام حذفی و باخت تیم گل محمدی، وی مورد انتقاد شدید پیشکسوتان باشگاه قرار گرفت و با وجود اینکه در مدتی که سکان هدایت پرسپولیس را در دست داشت فقط دو باخت را در کارنامه خود یدک میکشید در تاریخ ۱۸ اردیبهشت ۹۲ بار دیگر استعفای خود را تسلیم محمد رویانیان کرد و از این تیم جدا شد.
با آغاز فصل سیزدهم لیگ برتر خلیج فارس یحیی گل محمدی سرمربیگری تیم فوتبالنفت تهران را پذیرفت. او حتی در هفته ششم لیگ برتر ایران توانست تیم سابقش را با تک گل دقیقه ۹۲ علی قربانی شکست دهد و در جدول ردهبندی با سه امتیاز بیشتر، سه پله بالاتر از پرسپولیس علی دایی قرار بگیرد. وی در بهمن ۱۳۹۳ از طرف کانون مربیان فوتبال ایران بهعنوان بهترین سرمربی ماه انتخاب شد.
گلمحمدی در فصل ۹۴–۱۳۹۳ با ذوب آهن قهرمان جام حذفی شد و در لیگ برتر نیز مقام چهارم را کسب کرد.
گلمحمدی در فصل ۹۵–۱۳۹۴ برای دومین سال پیاپی تیم ذوبآهن را به مقام قهرمانی در مسابقات جام حذفی رساند. او در فصل ۹۷.۹۸ به همراه تیم پدیده به سهمیهی ورود به لیگ قهرمانان آسیا را پیدا کرد